工程菌種篩選是中試研究生產工藝的上游部分，菌種的優劣對于規模化生產起決定性作用，因此篩選出高質量的菌種是生物制藥流程上的關鍵一環。本公司經過多年研究，總結出菌落挑選原則，建立了單克隆篩選的標準操作規程，確保挑選出的單克隆基因穩定、表達重現性好、目的蛋白可溶性好、收率高。
重組蛋白生產用菌種采用原始種子批、主種子批和工作種子批三級種子批管理，該管理有利于實現目標蛋白的持續穩定表達,本公司以質粒丟失率、傳代穩定性確定種子批優劣，從而確保發酵生產工藝穩定、可控、均一。
發酵工藝的優化是提高目標蛋白表達量的有效手段。本公司通過對微生物不同生長階段、 pH值、碳氮源、補料方式、升溫程序的優化，開發出成熟的發酵工藝。并采用原核高效表達載體phoA、pcold，對于含有稀有密碼子或含有多個半胱氨酸難于表達的蛋白，均實現了高效和可溶性表達。
